از دير باز به سبب قداست اين مكان، در داخل و خارج حرم، ده ها تن از عالمان و روحانيان و سادات به خاك سپرده شدند كه برخي ازآنان قبر و نشان مشخصي دارند از جمله:
ابو احمد حسين بن محمد(304 ق ـ 400 ق) نسب او با سه نسل به امام موسي كاظم(عليه السلام) مي رسد. وي پدر گرامي سيد مرتضي و سيد رضي است. وفاتش در بغداد اتفاق افتاد و پس از دفن در منزلش به كربلا منتقل، در حرم مطهر، كنار جدش ابراهيم اصغر بن كاظم(عليه السلام) خاك شد.
سيد رضي(358 ق ـ 406 ق) سيد رضي مشهور به شريف رضي فرزند ابواحمد حسين، برادر بزرگوار سيد مرتضي و از عالمان و متكلمان بزرگ شيعه در قرن چهارم هجري است. علت عمده اشتهار سيد رضي، جمع آوري نهج البلاغه است. او تأليف زيادي در باب كلام و علوم اسلامي دارد كه الخصائص معروف ترين آن ها است. اين بزرگوار ابتدا در منزلش در بغداد دفن و سپس به كربلا منتقل و در كنار پدر و برادرش در نزديكي قبر سيد ابراهيم مجاب در رواق غربي حرم دفن است.
شريف مرتضي علم الهدي(355ق ـ 436ق) علي بن حسين موسوي، مشهور به سيد مرتضي يا شريف مرتضي، از عالمان و فقيهان بزرگ شيعه در قرن چهارم هجري و صاحب تأليفات زيادي است. وي در 359 ق به دنيا آمد و در 436 ق در بغداد فوت كرد و در منزلش دفن شد سپس او را به كربلا منتقل و در كنار مرقد پدر و برادرش شريف رضي، در نزديكي قبر سيد ابراهيم مجاب در شمال غربي رواق غربي حرم مطهر، به خاك سپرده شد. در زمان هاي اخير سنگ قبرهاي او، پدر و برادرش برداشته شده و محو گرديده است. كنار قبر اين سه بزرگوار، جدشان، ابراهيم اصغر فرزند امام كاظم(عليه السلام) ملقب به مرتضي، دفن است.
علامه وحيد بهبهاني(1118 ق ـ 1205 ق) شيخ محمد باقر بن محمد اكمل مشهور به وحيد بهبهاني، از عالمان اصولي و رجال شناسان بزرگ شيعه در قرن دوازدهم هجري است كه در رواق شرقي حرم دفن شده است. او در كربلا رهبري و مرجعيت شيعيان را بر عهده داشت. سيد مهدي بحرالعلوم و سيد علي صاحب رياض و شيخ جعفر آل كاشف الغطاء از شاگردان او بودند.
مجاهد(1180 ـ 1242 ق) سيد محمد مجاهد فرزند سيد علي طباطبايي صاحب رياض و نوه دختري مرحوم علامه بهبهاني، صاحب كتاب مفاتيح و مناهل است. او به سبب مجاهداتش با روس ها، كه خود در ميدان جنگ حاضر مي شد، به محمد مجاهد معروف شد. قبرش در بين آستان امام حسين(عليه السلام) و ابو الفضل(عليه السلام) در بازار باب الحريص در دو طبقه ساخته شده و داراي گنبد و ضريح فولادي بود اما در توسعه كنوني از ميان رفته است.
ميرزا محمد تقي شيرازي(ف 1338 ق) شيخ محمد تقي شيرازي از مراجع بزرگ شيعه واز رهبران قيام مردم عراق عليه سلطه انگلستان(1920 م) است كه با مجاهدت هاي خود، سلطه و نفوذ انگليس را در عراق از بين برد. او را درضلع جنوب شرقي صحن در مقبره اختصاصي خود دفن كردند. در 1263ق، هنگام توسعه صحن، بقعه اي به نام « ايوان شيرازي » به مساحت دويست متر در كنار آن قبر بنا شد كه محل تدريس و تحصيل طلبه ها شده بود ولي به دستور رژيم بعث تعطيل شد.
ابن فهد حلي(758 ق ـ 841 ق) قبر شيخ احمد بن محمد بن فهد، فقيه بزرگ اماميه، در غرب خيابان باب القبله، يعني سمت قبله صحن، داخل مسجدي قرار دارد كه به نام او معروف است. وي خانه اش را براي زائران به عنوان منزل گاهي وقف كرده بود و پس از مرگش او را در همان خانه خود به خاك سپردند. شاه عباس در 1033 ق باغ جنوب قبر ابن فهد را به صورت مسجدي در آورد و آن را كاشي كاري كرد و گنبدي روي قبر وي برپا ساخت. اين قبر اكنون در نزديكي خيمه گاه قرار دارد.
فضولي بغدادي(913ق ـ 976ق) محمد بن سليمان ملقب به فضولي بغدادي از شاعران بزرگ ترك در 976ق به مرض طاعون درگذشت و در مقبره دده نزديك تكيه بكتاشيه، در جنوب صحن دفن شد. امروزه بيست جلد كتاب در شعر و ادب از وي به يادگار مانده است. در كنار قبر او، فرزندش فضلي بن فضولي شاعر متصوف قرن دهم دفن است. فضلي بن فضولي تا 978ق در قيد حيات بود. آرامگاه او در توسعه اخير از ميان رفته است.
آل عصفور بحراني(1107ق ـ 1186ق) شيخ يوسف آل عصفوربحراني، صاحب كتاب الحدائق الناضره، دررواق شرقي حرم دفن شده است. وي به همراه سيدعلي طباطبايي و وحيد بهبهاني در يك مقبره آرميده اند.
سيد كاظم رشتي(ت1214ق) سيد كاظم بن قاسم حسيني رشتي از شاگردان شيخ احمد احسايي در 1259 ق در گذشت و در رواق شرقي حرم دفن شد. او از رهبران فرقه كشفيه بود و كتاب هايي درباره آن فرقه به رشته تحرير درآورد.
سيد احمد بن سيد كاظم رشتي سيد احمد بن سيد كاظم رشتي در 1295 ق به قتل رسيد و در رواق شرقي حرم، كنار پدرش، به خاك سپرده شد.
شريف العلماء محمد شريف بن حسن آملي، از عالمان بزرگ شيعه، و استاد شيخ مرتضي انصاري در 1246ق در كربلا وفات يافت و در سمت جنوب شرقي آستان، در يكي از كوچه هاي فرعي خيابان امام حسين(عليه السلام) دفن شد. بقعه وي در 1261 ق به دست شيخ حسن آل صالحي و در 1372 ق توسط مرحوم آيت الله حكيم تجديد بنا و مدرسه اي به نام او در كنار آستان احداث گرديد. امروزه بقعه او از ميان رفته است.
سيد علي طباطبايي سيد علي طباطبايي، صاحب كتاب رياض المسائل در فقه است. وي در رواق شرقي حرم خاك شد. او كسي است كه ديوار شهر كربلا را بنا كرد. فرزند او به سيد محمد مجاهد معروف است.
خاندان قزويني(مجتهد قزويني) در داخل صحن و در مسير صحن امام حسين(عليه السلام) به سوي صحن ابوالفضل العباس يعني باب قاضي الحاجات در حجره اي سه تن از خاندان مجتهد قزويني دفن شده اند: آقا سيد ابراهيم بن محمد مجتهد قزويني صاحب ضوابط الاصول(م1262ق) آقا سيد مهدي مجتهد شيخ محمد حسين قزويني(ف1281 ق). در دالان صحن كوچكِ همين مكان قبر شيخ الاسلام قزويني واقع است.
شيخ عبدالحسين تهراني شيخ عبدالحسين تهراني از فقيهان و عالمان معاصر بود كه در يكي از حجره هاي سمت غربي صحن خاك شده است.
سيد عبدالله بحراني سيد عبدالله بحراني عالم و فقيه و مؤلف الافاضات الحسينيه و شرح مختصر النافع علامه حلي است كه در رواق ابراهيم مجاب به خاك سپرده شده است. در كنار او فرزندش سيد محسن و نوه اش سيد محمد بن سيد محسن، صاحب كتاب هاي الفصول البهيه في بعض الاخبار الحجج المرضيه و هداية العباد، دفن شده اند.
زيني حسني عالم شاعر، سيد محمد زيني حسني در رواق ابراهيم مجاب به خاك سپرده شده است.
صاحب ضوابط(1214 ق ـ 1262 ق) سيد ابراهيم بن محمد باقر موسوي قزويني حائري عالم بزرگ شيعه و معروف به صاحبضوابط، در ميدان مقابل باب الشهداء دفن است. تأليف او در باب فقه شهرت دارد.
خاندان برغاني چند تن از خاندان برغاني، كه همه از عالمان بزرگ و از فقيهان شيعه بوده اند، در رواق غربي حرم(رواق بالاسر) به خاك سپرده شده اند. معروف ترين آن ها ملا محمد علي برغاني است كه در 1271 ق از دنيا رفت. وي تأليفات فراواني در فقه و تفسير دارد. ديگر فرزندش ميرزا عبد الوهاب از عارفان و فقيهان عصر قاجار بود كه در 1294 ق فوت كرد. قبر ملا علي برغاني متوفي 1269 ق نيز در اين مكان واقع است.
سيد مرتضي طباطبايي سيد مرتضي فرزند سيد محمد طباطبايي حسيني بروجردي پدر سيد مهدي بحر العلوم است كه در 1204ق از دنيا رفت. او را در رواق شرقي حرم به خاك سپردند.
خاندان آل كمونه چند تن از مشاهير خاندان آل كمونه در زير زمين خزانه جواهر آستان، بين رواق پادشاهان و مسجد آستان حسيني، دفن هستند. اين افراد از عالمان و اديبان كربلا بودند؛ از جمله شيخ مهدي كمونه(ف 1272ق) كليد دار آستان، شيخ ميرزا حسن كمونه(ف1292ق) هم چنين برادرش كه پس از او به توليت آستان رسيد و نيز شيخ محمد علي كمونه(ف 1282 ق)، كه از شاعران شيعه بوده است.